借黃行運(yùn)
元朝初年，先后開鑿濟(jì)州河、會通河、通惠河等，從而全線貫通京杭大運(yùn)河。不過在徐州至淮安段，并沒有修建人工河道，而是借助南宋以來形成的黃河河道為運(yùn)道。但是，黃河水性桀驁不馴，徐州附近屢屢決口，運(yùn)河也受此侵?jǐn)_常常漕運(yùn)中斷。所以，借黃行運(yùn)并非良策。

引黃濟(jì)運(yùn)
元代修成山東會通河后，?？嘤谒床蛔悖食ＲS濟(jì)運(yùn)，補(bǔ)充水源，直到明代前期仍是如此。元末，運(yùn)河決口于開封北金龍口；洪武元年，再決于曹州（今山東菏澤）雙河口。明代在塌場口引黃河水，接濟(jì)徐州運(yùn)道。然而，引黃濟(jì)運(yùn)弊大于利，黃河的泥沙極易淤塞運(yùn)河，所以明代最終采取了遏黃保運(yùn)的政策。

遏黃保運(yùn)
元末明初黃河泛濫改道，愈演愈烈，宣德至弘治年間（1426—1505年），河道尤其不穩(wěn)定，下游河道分為九支，危及大運(yùn)河的安全，遂引起朝廷重視。弘治六年（1493年），劉大夏主持治河，截斷北路，筑堤擋水，名太行堤，成功防止黃河北決沖運(yùn)河堤。但下游河道依舊擺動，經(jīng)萬歷年間潘季馴治河，將下游河道固定下來，即今天的廢黃河。

避黃行運(yùn) 南陽新河
明嘉靖初年，黃河在曹縣等地決口，運(yùn)河淤塞，朝廷議鑿新河，欲借南陽湖和昭陽湖作為抵御黃河的屏障，以避黃河干擾，但并未完工。嘉靖四十四年（1565年），黃河在沛縣決口北流，魯運(yùn)河自濟(jì)寧至徐州段淤毀，于是重議新河，由工部尚書朱衡兼理河漕。歷時八個月竣工，北起南陽鎮(zhèn)，南經(jīng)微山縣夏鎮(zhèn)至留城，全長70多公里，即南陽新河，也叫夏鎮(zhèn)新河。新河與湖西舊河相隔15公里，地勢較高，以湖泊為緩沖，通黃運(yùn)口也東移至留城。

泇運(yùn)河
南陽新河修通后，徐州至淮陰段仍然是借黃行運(yùn)。隆慶三年（1569年），黃河在沛縣決口，糧船受阻于邳州。朝廷議開泇運(yùn)河，但反復(fù)提案與否決。萬歷二十一年（1593年），黃河大水，舒應(yīng)龍治河，在微山湖東韓莊開了一條20公里長的河渠，即韓莊運(yùn)河，后來成為泇運(yùn)河的上游。六七年后，總河劉東星繼續(xù)開通泇河，未成而累死于工地，李化龍繼任總河，最終在三十三年（1605年）完工。泇運(yùn)河從夏鎮(zhèn)至宿遷接黃河，利用自然河流泇河開鑿而成，全長130多公里，從此大運(yùn)河不再行經(jīng)徐州城區(qū)。

中運(yùn)河
南陽新河與泇運(yùn)河實現(xiàn)了邳州以北黃運(yùn)分離，但邳州以下仍未避開黃河對運(yùn)河的影響。清河道總督靳輔，對此用力頗深，康熙十九年（1680年），靳輔開挖皂河，上接泇河，下連運(yùn)河，開成相對穩(wěn)定的張莊運(yùn)口?？滴醵迥辏?686年），靳輔議開中河（中運(yùn)河），兩年后完工，中河起自宿遷西張莊運(yùn)口，東經(jīng)駱馬湖口，引駱馬湖水濟(jì)運(yùn)，在淮安入黃河，全長90公里。中運(yùn)河是京杭大運(yùn)河形成最晚的一段河道，其開通徹底結(jié)束了借黃行運(yùn)的歷史，也宣告了京杭大運(yùn)河的定型。